Naxçıvan İnqilab Komitəsinin 10 oktyabr 1920-ci il tarixli qərarına əsasən Naxçıvanda ilk Təhsil şöbəsi yaradılmış, 24 dekabr 1921-ci ildə Azərbaycan SSR Xalq Maarif Komissarlığının Naxçıvan Diyarında Əlahiddə İdarəsinə çevrilmişdir. Naxçıvan SSR Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinin 18 yanvar 1924-cü il tarixli plenumunun qərarı ilə Təhsil şöbəsi Xalq Maarif Komisarlığınına çevrilmişdir. Naxçıvan MSSR Ali Soveti Rəyasət Heyətinin 30 mart 1946-cı il tarixli fərmanı ilə Naxçıvan MSSR Maarif Nazirliyi adlanmışdır. Naxçıvan MSSR Ali Soveti Rəyasət Heyətinin 16 dekabr 1988-ci il tarixli fərmanı ilə Naxçıvan MSSR Maarif Nazirliyi ləğv edilmiş, onun bazasında Naxçıvan MSSR Xalq Təhsili Nazirliyi yaradılmışdır. 3 dekabr 1990-cı ildən Naxçıvan Muxtar Respublikası Təhsil Nazirliyi adlanır.